Le CIRRELT résulte de la fusion de deux centres de recherche reconnus, le Centre de recherche sur les transports (CRT) et le Centre de recherche sur les technologies de l’organisation réseau (CENTOR), auxquels se sont joints deux groupes de chercheuses et chercheurs actifs dans le domaine de la logistique, le groupe de recherche Polygistique (École Polytechnique) et la Chaire de recherche industrielle du CRSNG en management logistique de l’UQÀM.
Constitué en 1971 par l’Université de Montréal, le CRT était depuis 1988 un centre conjoint de HEC Montréal et de l’École Polytechnique; son champ d’expertise principal était celui des méthodes quantitatives et informatiques, appliquées à la planification, la gestion et l’exploitation des réseaux de transport tant de personnes que de marchandises et de données. Dans son domaine, le CRT était l’organisme de recherche universitaire le plus important au Canada et l’un des trois plus importants au monde. Au cours des années, le CRT avait développé un réseau international de collaboration avec le monde scientifique et il était reconnu entre autres pour ses percées méthodologiques et pour ses développements d’outils performants dans le domaine du transport (plusieurs centaines de sociétés de transport et agences de planification utilisent des produits originellement développés au CRT).
Fondé en 1994, le CENTOR est devenu un centre reconnu par l’Université Laval en 1996. Il était devenu au fil des ans un centre multi facultaire et multi universitaire dont le programme de recherche se concentrait sur les technologies de design et de pilotage de l’entreprise et de ses réseaux, dans une perspective de nouvelle économie. Le CENTOR a été le maître d’oeuvre de plusieurs initiatives de recherche majeures dont le Consortium de recherche sur les réseaux logistiques de l’industrie forestière FOR
@C et quatre chaires de recherche. Le CENTOR s’était distingué par ses collaborations fructueuses avec l’industrie et par le développement d’approches et d’outils novateurs pour l’ingénierie et la gestion de l’ensemble de la chaîne logistique.
Créée en 2001, Polygistique, groupe de recherche en ingénierie de la logistique, était une unité de recherche de l’École Polytechnique de Montréal. Ses travaux portaient sur les méthodes et les technologies de pointe en logistique pour les entreprises productrices de biens et les entreprises de services. La Chaire de recherche industrielle du CRSNG en management logistique de l’UQÀM est un groupe de recherche multidisciplinaire reconnu en 2006 par l’UQÀM. Ses travaux portent sur l’avancement des modèles, méthodes et instruments pour la planification des systèmes logistiques et de transport et le transfert technologique.
En 2013, pour le renouvellement de la subvention de Regroupement stratégique du FRQNT, trois nouveaux partenaires institutionnels se sont intégrés au CIRRELT : l'École de technologie supérieure, l'Université Concordia et l'Université McGill.
Le CIRRELT regroupe aujourd'hui la très grande majorité des chercheuses et chercheurs québécois qui oeuvrent à la production des connaissances relatives à l’ingénierie et à la gestion des réseaux logistiques, d’entreprise et de transport.